Реките на Естония са много малки и сред седемстотин реки в страната само девет могат да се похвалят, че са преодолели знака от сто километра.
Река Пиуза
Пиуза минава през териториите на две държави - Република Естония и Русия. Общата дължина на речното корито е деветдесет и три километра. Разделението е следното: Естония притежава осемдесет километра Piusa; делът на руската територия възлиза на малки тринадесет километра. Общата водосборна площ е 796 квадратни километра.
Източникът на реката се намира на естонски земи във водите на езерото Alasjärv (село Вила, разположено в югозападна посока от село Vastseliina - дванадесет километра). Устието на реката е огледало на Чудското езеро, недалеч от село Будовиж. При сливането Пиусу се разделя, като се влива в езерото в два клона.
Средното течение на реката - осемнадесет километра между селата Вастселийна и Саетаме - минава покрай красива котловина. Именно тя стана мястото, където е организиран резерватът. Основан е през 1965 г. и обхваща площ с обща площ над девет квадратни километра.
Река Võhandu
Võhandu е най -дългият воден път в републиката. Общата му дължина е равна на сто шестдесет и два километра. Източникът на Võhandu се намира близо до естонското селище Saverna. След това той преминава през дълбините на езерото Джикси и завършва пътуването, свързвайки се с водите на Топло езеро. Това се случва недалеч от село Võõpsu.
Прави впечатление, че преди езерото Вагула жителите наричат тази река Pyhajõgi, но след излизането й от водите си - Voo.
Корабите плават по реката по отсечката, ограничена от Чудското езеро и пристанището, разположено на територията на село Võõpsu. Множество потоци са основните доставчици на вода за Võhandu.
Река Пярну
Пярну е естонска река с обща дължина сто четиридесет и четири километра. Общата водосборна площ е почти седем квадратни километра. Източникът на реката е миниатюрно езеро с изворен произход (недалеч от Roosno-Alliku), но завършва маршрута Pärnu, вливайки се във водите на залива Pärnus (част от Рижкия залив, Балтийската акватория).
Реката се захранва смесено. И ако в горното течение подземните води станат доставчици, то в долните течения валят дъждове. Реката не винаги замръзва през зимата. Ако това се случи, тогава ледът се образува от около второто десетилетие на декември и продължава до края на март.
Реката е плавателна само в близост до мястото на сливането си. Речното корито е блокирано от язовири на единадесет места.