Вологда се намира на десния бряг на едноименната река, която е древен воден път, свързващ този град през басейните на реките Сухона и Шексна с Архангелск.
За първи път в историческите източници градът се споменава през XII век. През 15 век Вологда се управлява от Велики Новгород. От 1462 г. в продължение на двадесет години Вологда е център на апанаторското княжество, но от 1481 г. попада под властта на Московското княжество, чийто владетел тогава е Иван III.
През 1565 г. Иван Грозни решава да създаде втората си опричнина резиденция във Вологда. Той искаше да построи тук каменен Кремъл и крепост. Хиляди занаятчии и селяни бяха хвърлени във Вологда, а строителството беше ръководено от английския инженер Х. Лок. В плана Кремъл е правоъгълник. От северната страна тя е била защитена от река Вологда, а от двете страни е изкопан ров с вода. Но нападението на кримския хан през 1571 г. и чумата, която започна във Вологда, принудиха Иван IV да се върне в Москва. С напускането на краля строителството спира.
Поради липсата на сериозни укрепления, Вологда страда много от нашествието на полско-литовската армия през 1612 г. Но градът бързо се възстановява и дори надхвърля предишния си размер. До края на 17 -ти век историческият център на Вологда се състои от четири части: Град, Верхний Посад, Нижни Посад и Заречие. Въпреки това, в началото на 18 век икономическото положение на Вологда отслабва донякъде поради основаването на Санкт Петербург и развитието на търговията в Балтийско море.
През 1708 г. Вологда е включена в Архангелска област. Но вече през 1719 г. градът става център на провинция Вологда, а през 1796 г. - център на провинция Вологда, която съществува до 1929 г.
През 19 век градът става място на политическо изгнание за много представители на интелигенцията. През 1918 г. Вологда играе ролята на „дипломатическата столица“на Русия в продължение на 5 месеца. След сключването на Брестския мирен договор посолства и мисии на 11 големи държави временно се преместиха тук, по -специално: САЩ, Великобритания, Франция, Япония, Китай, Бразилия и др.
Сега Вологда е популярен туристически център, посещаван както от руснаци, така и от чуждестранни туристи.
