Реките на Таджикистан са пълноводни и основно принадлежат към басейна на Аралско море. И само няколко се вливат във водите на езерото Каракул или река Тарима.
Река Аму Даря
Каналът на Амударя преминава през територията на четири държави едновременно - Афганистан, Таджикистан, Узбекистан и Туркменистан. Общата дължина на канала е 2400 километра. От тях 1415 километра преминават през страната. Източникът на Амударя се формира от сливането на две реки - Вахш и Пяндж. Устието на реката е водите на Аралско море (при сливането образува голяма делта).
В близост до реката има няколко притока. Средно Амударя получава водите на Кафирниган, Сурхандаря и Шеребад, както и един ляв приток - река Кундуз. И по -нататък, до мястото на сливането, вече няма притоци. Водите на реката се използват активно и затова Амударя не достига Аралско море. Точно това стана една от причините за изсъхването му.
Във водите на Амударя има доста различни сортове риба: асп; плешив човек; аралски сом; платика; сабри; сребърен шаран; Бял амур; омраза.
Река Вандж
Една от реките, чийто канал се намира изключително на територията на Таджикистан. Той е десен приток на река Пяндж. Общата дължина на реката е 103 километра. Източникът е образуван от сливането на две реки - едната се спуска от ледниците на хребета Ванч, другата от билото на Академията на науките (западен склон). Каналът минава между хребетите Ванч и Дарваз.
Река Кашкадарья
Териториално коритото на реката минава през земите на Таджикистан (област Согдий) и Узбекистан (район Кашкадарья). Условно реката има три имена: в горното течение - Обикхунда; средният ход - Шиначасай; по -ниска - Maimanakadarya.
Общата дължина на канала е 378 километра. Източникът на реката е на височина 2960 метра над морското равнище и е образуван от две неназовани реки. Основни притоци: Акдаря (Аксу); Танхидизадария; Гузардаря.
Река Муксу
Общата дължина на канала е 88 километра. Муксу се намира в района Джиргатал в Таджикистан. Източникът е сливането на две реки: Селдара и Сауксой (ледниците Федченко и Болшой Саукдар).
Река Кузилсу
Kyzylsu, което означава "червена река", тече през територията на Киргизстан и Таджикистан. Източник са склоновете на Транслайския хребет. Общата дължина на канала е 235 километра. При сливането с река Муксу, тя води до река Вахш.
Река Вахш
Общата дължина на речния канал е 786 километра и всички те преминават през територията на Таджикистан. Източникът на реката е по склоновете на Памир, но мястото на сливането й с водите на река Пяндж дава началото на великата Амударя. Реката е основният източник за напояване, както и за производство на енергия.
